للدكتور مصطفى الفقي باع طويل في الحياة السياسية والثقافية على حدٍّ سواء. أما في المجال الأكاديمي، فقد قام بتدريس العلوم السياسية لسنوات طويلة بالجامعة الأمريكية بالقاهرة، ثم تولى رئاسة الجامعة البريطانية بمصر في السنوات الثلاث الأولى لإنشائها. وفي المجال السياسي، شغل منصب سفير مصر في النمسا وعدد من الدول الأجنبية الأخرى، كما كان مندوب مصر لدى الوكالة الدولية للطاقة الذرية، ثم مندوبًا دائمًا لها في جامعة الدول العربية

وقد اتجهت أنشطته في السنوات الأخيرة إلى العمل البرلماني ومؤتمراته الدولية؛ حيث ظل يشغل منصب رئيس لجنة العلاقات الخارجية بالبرلمان لمدة عشر سنوات. وكرَّس حياته لقضيتين أساسيتين؛ الأولى هي قضية الإصلاح الفكري والسياسي، وإيقاف كلِّ أشكال التمييز ضد الأقليات في المجتمع. أما الثانية فهي حول القضية العربية ومفهوم الوحدة في إطارها المعاصر

وعلى الصعيد الوظيفي، شغل الدكتور مصطفى الفقي منصب سكرتير رئيس الجمهورية المصرية للمعلومات، ومدير معهد الدراسات الدبلوماسية بوزارة الخارجية، إلى أن تولى منصب مساعد أول لوزير الخارجية، وفي عام 2017 شغل سيادته منصب مدير مكتبة الإسكندرية. وقد ترأس جمعية الصداقة المصرية النمساوية في السنوات العشر الماضيات، وكان عضوًا في المجلس القومي لحقوق الإنسان، واتحاد الكتاب، والمجمع العلمي المصري الذي تأسس عام 1798، والمجلس الأعلى للثقافة، وقد رشحته مصر رسميًّا لمنصب أمين عام جامعة الدول العربية عام 2011

نال الدكتور مصطفى الفقي عددًا من الأوسمة، كما حصل على جائزة «النيل العليا» في العلوم الاجتماعية عام 2010، وجائزة «الدولة التقديرية»في العلوم الاجتماعية عام 2003، وجائزة «الدولة التشجيعية» في العلوم السياسية عام 1993، كذلك نال عشرات الأوسمة والنياشين من عدد كبير من الدول العربية والأجنبية.وله ما يزيد على ستة وثلاثين كتابًا في مجالات السياسة والفكر والثقافة.